Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte im Jahr 1152. Damals hieß das Dorf noch „Cöncichhofen“. Der heutige Dorfname geht auf den Gründer „Gunzo“ zurück.
Die erste Besiedelung erfolgte im Tal des Friedbaches.
1828 wurde in Günzkofen von der Gemeinde ein Schul- und Rathaus erbaut, das schon wenige Jahre später erweitert und mit einem kleinen Glockenturm versehen wurde. An der Stelle dieses früheren Schul- und Rathauses, das 1999 abgebrochen wurde, baute die Gemeinde Hohentengen mit großer Unterstützung der Bevölkerung 2001 ein neues Dorfgemeinschaftshaus. In diesem Dorfgemeinschaftshaus befindet sich auch das Günzkofer Dorfbackhaus.
Gegenüber vom Dorfgemeinschaftshaus steht die 1877 erbaute St. Agatha-Kapelle im neugotischen Stil. Doch schon zuvor gab es in Günzkofen eine Kapelle außerhalb des Dorfes am Hohentenger Fußweg. Diese Vorgängerkapelle wurde schon 1582 schriftlich erwähnt.
1397 wurde in Günzkofen erstmals eine Mahlmühle an der Straße nach Eichen erwähnt, die bis 1942 betrieben wurde.